1. Embrio Kelahiran (1964)

Berawal dari keinginan masyarakat Muslim di sekitar Mampang Prapatan, Jakarta Selatan pada tahun 1964 untuk membentuk Lembaga Pendidikan Agama Islam. Maka didirikanlah Yayasan Pendidikan “Roudotul Mut’alimin” di Jl. Abdur Rohim yang dipimpin oleh KH. Abdur Rozak Ma’mun.

Pada tahun 1966, Madrasah Tsanawiyah diintegrasikan menjadi Pendidikan Guru Agama Lengkap Rodotul Muta’alimin (PGAN) Mampang Prapatan.

2. Menjadi MAAIN (1968)

Melalui Keputusan Menteri Agama Nomor 103 tahun 1968, secara resmi pada 1 Agustus 1968 berdiri Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN).

3. Era MAN 1 Grogol (1976)

Sesuai SKB 3 Menteri untuk peningkatan mutu madrasah, pada tahun 1976 MAAIN menempati gedung baru di Jl. Rawa Bahagia I No. 28 Grogol, Jakarta Barat di atas tanah wakaf almarhum Bapak Almunawar. Sejak saat itu, nama MAAIN berubah menjadi MAN 1 Grogol. Sementara gedung di Mampang Prapatan berstatus sebagai Kelas Jauh (Filial).

4. Lahirnya Filial Pondok Bambu (1987)

Gedung MAN 1 Filial Pondok Bambu dibuka pada tahun 1987 dengan 4 kelas awal di bawah pimpinan Drs. H. A. Somali. Pada tahun 1989, namanya sempat berubah menjadi MAN 2 Filial Pondok Bambu (berinduk ke MAN 2 Cijantung/Ciracas) yang berlokasi di Jl. H. Dogol No. 54 Jakarta Timur.

5. Berdiri Mandiri sebagai MAN 9 (1993)

Berdasarkan SK Menteri Agama No. 244 tanggal 25 Oktober 1993, madrasah ini resmi berdiri sendiri dengan nama MAN 9 Pondok Bambu. Kepala Madrasah pertama yang diangkat adalah Drs. H. Tarli Sartidjan.

6. Fasilitas & Gedung Baru

Untuk melengkapi keterampilan siswa, MAN 9 menghadirkan berbagai kegiatan seperti Lembaga Komputer, Marching Band, Teater, Paskibra, dan Pramuka. Pada tahun 1997, MAN 9 mendapatkan gedung baru tiga lantai di Kelurahan Pondok Kopi untuk menampung minat pendaftar yang terus meningkat setiap tahunnya.