MAN 9 Jakarta adalah Sekolah Menengah Atas yang berciri khas agama Islam. sebuah lembaga yang dikelola di bawah naungan Kementerian Agama RI. Asal muasal pendirian lembaga ini bermuara dari Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Cijantung Jakarta Timur yang memiliki kelas filial di Jln. H. Dogol Pondok Bambu Duren Sawit Jakarta Timur dengan nama Madrasah Aliyah Negeri 2 Filial Pondok Bambu Jakarta Timur. Pada tahun 1994 MAN ini dimandirikan menjadi Madrasah Aliyah Negeri 9 Jakarta. Perkembangan MAN 9 Jakarta pada saat itu cukup pesat, sehingga tidak dapat menampung permintaan masyarakat untuk menyekolahkan putra-putri mereka. Untuk memenuhi kebutuhan masyarakat, pada tahun 1997 dibukalah kelas Jauh dengan nama, Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 9 KJ Pondok Kopi Jakarta Timur yang sekarang berubah nama menjadi(MAN)18, yang berlokasi di jalan Raya Rawa Bahagia, Pondok Kopi (13460) Jakarta Timur.
Kepala Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 9 Jakarta dipegang berturut-turut oleh Drs. Tarli Sartijan, Drs. H. Zaenudin Anwar, MA., Drs. M. Fadoli Kurdi., Drs. Amri, MM., H.Sholehudin Warto, S.Pd.I., M.M. dan terakhir saat ini dijabat oleh Dra. Yessy Anwar.
